请假扣底薪和全勤的原因主要涉及以下几个方面：
全勤奖的定义和目的
全勤奖是为了奖励员工达到出勤率100%而设立的额外奖励。
如果员工未达到出勤率100%，则不给予全勤奖，这并不是“扣除”而是未达成奖励条件。
请假对全勤的影响
员工请假意味着未达到100%的出勤率，因此不符合获得全勤奖的条件。
请假期间，员工不参加工作，公司通常不会发放全勤奖。
公司规定的灵活性
公司在扣除全勤奖时，必须有明确的规定。如果公司规定请假即扣全勤，则这种做法是合理的。
如果公司没有明确规定或者规定不合理，员工可以与公司进行沟通或寻求法律帮助。
法律依据
根据《劳动法》，公司可以扣除员工当日工资，但全勤奖扣除需视公司规定而定。
公司在扣除工资和全勤奖时，必须遵守相关劳动法律法规，确保扣款行为的合法性和合理性。
建议
员工：在请假前，应仔细阅读公司的请假和薪资政策，了解请假对全勤奖和工资的影响。
公司：应明确请假和全勤奖的相关政策，并在员工入职时进行详细说明，以避免后续纠纷。
法律途径：如果员工认为公司的扣款行为不合法或不合理，可以寻求法律帮助，维护自己的权益。
综上所述，请假扣底薪和全勤是符合逻辑的，但具体操作需依据公司规定和相关法律法规进行。