合同章的保管部门主要取决于公司的内部管理规定。以下是几种常见的保管方式：
法律部门或专门的合同人员
合同专用章通常由法律部门或专门的合同人员负责保管，以确保其在合同签订过程中的合法性和规范性。
办公室专人
公司的公章和专用公章由办公室专人保管，各部门公章由各部门指定专人专柜保管，并将保管公章人员名单报办公室备案。
业务部门负责人
合同章有时由公司业务部门负责人保管。
总经理办公室文书
在一些公司，合同章由总经理办公室文书管理，使用合同章时需要走审批流程，最后一级审批是总经理。
财务会计
有的小公司将合同章放在财务会计那里，但具体保管部门没有硬性规定，取决于公司的管理习惯。
建议
大型企业：建议由法律部门或专门的合同人员负责保管合同章，以确保合同签订的合法性和规范性。同时，应建立严格的审批流程和保管制度，防止公章被滥用。
中小型企业：可以根据公司的实际情况选择由办公室专人或业务部门负责人保管合同章，但同样需要建立完善的保管和审批流程。
无论采取哪种保管方式，都应确保合同章的安全，防止丢失或被私自使用，以免影响公司的法律权益。