被挂靠的公司在进行账务处理时应遵循以下步骤和原则：
设立独立账户
确保账目清晰，便于管理和审计。
规范财务核算
建立账簿，按照实际业务发生情况记录收入和支出。
对外合同、发票等凭证需齐全，确保账实相符。
收入入账
收到款项时，借记银行存款，贷记业务收入。
支出记账
支付费用时，借记相应费用科目，贷记银行存款。
核算应纳税所得额
根据收入与支出的差额，计算应纳税所得额。
按时申报纳税。
合理列支成本费用
确保会计信息真实、准确、完整。
财务报表编制
定期编制资产负债表、利润表等财务报表，以便管理层决策。
发票管理
发票应开到被挂靠的公司，留存复印件用于记账。
税务处理
根据实际缴纳的税金做相应的会计分录，如增值税、城建税、教育费附加等。
工程完工结算
结转收入和成本，计算毛利和成本项目。
风险提示
挂靠业务可能存在税务和法律风险，应确保合规操作。
请根据具体情况调整上述步骤，并咨询专业会计师或税务顾问以获得更详细的指导。