商务机关包括以下几类：
商务部机关
内设机构：办公厅（国际贸易谈判代表秘书局）、人事司、政策研究室、综合司、条约法律司、财务司、市场秩序司、市场体系建设司、流通业发展司、市场运行和消费促进司（国家茧丝绸协调办公室）、反垄断局（国务院反垄断委员会办公室）、对外贸易司（国家机电产品进出口办公室）、服务贸易和商贸服务业司、产业安全与进出口管制局、外国投资管理司、对外援助司、对外投资和经济合作司、贸易救济调查局、国际经贸关系司、世界贸易组织司（中国政府世界贸易组织通报咨询局）、亚洲司、西亚非洲司、欧亚司、欧洲司、美洲大洋洲司、台港澳司、电子商务和信息化司、外事司、机关党委、机关纪委、离退休干部局。
派驻机构和其他机构：2个派驻机构和2个其他机构。
直属事业单位：13个直属事业单位。
驻外经商机构：在全球范围内有220个驻外经商机构（含亚洲地区、西亚非洲地区、美洲大洋洲地区、欧亚地区、欧洲地区、港澳地区以及4个国际组织）。
地方商务机关
例如，潍坊市商务局是市政府工作部门，为正处级。其内设机构根据工作需要承担市委开放办相关工作，并接受市委开放办的统筹协调。
商务相关协会和中心
机关服务中心（机关服务局）、配额许可证事务局、外贸发展中心（外贸发展事务局、商务部中国企业境外商务投诉服务中心）、国际商报社、外贸投资促进中心（投资促进事务局）、商务部培训中心、国际经济合作中心（国际经济合作事务局）、中国对外贸易中心、国际贸易经济合作研究院（商务出版社）、中国国际电子商务中心、中国国际经济技术交流中心、流通产业促进中心（屠宰技术鉴定中心）。
这些商务机关在各自职责范围内负责商务政策的制定与执行、市场秩序的维护、对外贸易的管理、产业安全、投资促进等多个方面的工作。