商家最怕的部门投诉包括：
消费者协会：
消费者协会作为专门处理消费者与商家纠纷的组织，一旦认定商家存在侵害消费者权益的行为，可能会将其不良行为曝光，严重影响商家声誉。
12315投诉热线：
12315是消费者投诉举报专线电话，商家最怕投诉，因为一旦被调查，很容易受到惩罚，甚至情节严重还会“关门大吉”。
工商部门：
若商家有虚假宣传、销售假冒伪劣商品等违法行为，工商部门可依法处罚，甚至吊销营业执照。
税务部门：
被举报偷税漏税会面临巨额罚款和信用受损。
劳动监察部门：
对有员工的商家也有监管权，员工投诉不签合同、拖欠工资等问题，商家将面临法律责任和经济赔偿。
法院：
向法院提起诉讼具有强大威慑力，商家败诉需承担法律和赔偿责任，且诉讼耗费大量时间精力，影响经营。
网络曝光和媒体投诉：
在互联网时代，不良行为被曝光会引发公众谴责，导致客户流失和合作伙伴信任降低。
综上所述，商家最怕的部门投诉是消费者协会、12315、工商部门、税务部门、劳动监察部门、法院、网络曝光和媒体。这些投诉渠道一旦介入，商家可能面临声誉损失、法律处罚、经济赔偿以及经营受阻等多方面的严重后果。因此，商家应严格遵守相关法律法规，诚信经营，以减少投诉风险。