处理租车公司扣分的方法如下：
现场处理
如果在租车期间被交警现场抓到违章行为，您需要携带行驶证和驾驶证到当地交警部门指定的银行缴纳罚款，并进行扣分处理。
非现场处理
对于非现场违章，您可以通过“交管12123”官方软件查询违章记录，并进行个人认定。处理方式包括自主处理、租赁公司代处理或网络处理。自主处理需要前往违规行为发生地或车牌所属地区的交通管理部门；租赁公司代处理由租赁公司负责处理相关费用；网络处理则通过“交管12123”应用程序进行。
异地处理
如果您在外省出差或游玩时产生违章，建议及时到本地处理违章。如果回到省内才收到罚款通知单，可以到所在城市的交管部门查询违章情况，并携带行驶证和驾驶证等证件进行处理。
租赁公司责任
租赁公司通常会为承租人在租赁期间的违章行为建立处理机制，但代扣分处理违章并不具合法性。因此，承租人应自行处理违章，以避免后续麻烦。
法律依据
根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。当事人应当自收到罚款的行政处罚决定书之日起十五日内，到指定的银行缴纳罚款。
建议
及时查询和处理：无论违章行为是现场还是非现场，都建议您及时查询并处理，以免产生不必要的滞纳金和罚款。
使用官方渠道：使用“交管12123”官方软件处理违章记录，可以方便快捷地完成扣分罚款的缴纳。
遵守合同条款：在租车时，应仔细阅读租赁合同，了解违章处理的责任和义务，确保合法合规。