证件被扣押时，您可以采取以下步骤进行处理：
与单位协商
首先尝试与扣押证件的单位或个人进行沟通，了解扣押原因，并争取通过协商解决问题。
向劳动监察部门投诉
如果证件被单位扣押，您可以向当地劳动监察部门投诉，要求退还证件。
向公安机关报案
如果证件被不法分子非法扣押，或者涉及居民身份证等身份证件，您应该向公安机关报案，请求帮助。
通过法律途径解决
如果以上步骤均无法解决问题，您可以考虑通过法律途径解决，如向人民法院提起民事诉讼，要求返还证件并承担相应的法律责任。
收集证据
在整个过程中，您应当尽力搜集有关证据，例如能证实证件遭扣押及涉事人员身份等相关详细信息。
注意时效
根据相关法律规定，您应在知道或应当知道权利被侵害之日起一定时间内采取行动，例如60日内向劳动仲裁机构提出仲裁申请。
请根据具体情况选择合适的处理方式，并注意时效性和证据的收集。