海员证被扣留的原因通常与以下几点有关：
防止因私使用：
海员证不等同于因私护照，它更像是公务护照，与船员所服务的国际航线船舶公司有直接关系。为了防止船员因私使用，海员证必须由公司收回。
证书与服务本关联：
海员证上登记了船员所在的公司信息，因此，如果船员更换了服务的公司，原有的海员证需要注销，并在新公司重新申请。
劳务公司权利：
海员证是通过劳务公司办理的，劳务公司有权利保留海员证。证书和服务本可以任意拿走，但海员证通常不会交给个人，因为它是船员与劳务公司之间合同的一部分。
法规遵守：
在某些情况下，如果船员的行为违反了相关法规，例如《船舶载运危险货物安全监督管理规定》，海事部门可能会对船员进行罚款，并扣留船员适任证书。