特许经营企业不进行备案的主要原因包括：
商务部行政方面的相关处罚力度不足
按照《商业特许经营管理条例》的规定，未按规定备案的特许人面临的处罚为1万至5万元人民币的罚款；逾期仍未备案的，将面临5万至10万元人民币的罚款并予以公告。这样的罚款数额对于规模较大的企业来说可能不足以起到足够的威慑作用。
商务主管部门缺乏与工商行政管理部门相同的执法机构，导致执法力度较弱。
《商业特许经营管理条例》未明确规定未备案的其他法律后果，导致特许人对未备案的法律后果认识不足。
合同有效性风险
未备案的特许经营企业所签订的特许经营合同可能会被视为无效。依据《中华人民共和国合同法》，违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效。《商业特许经营管理条例》中的“应当”备案规定被视为强制性规定，故未备案的合同可能被视为无效。一旦合同被认定为无效，特许人需要返还加盟费、特许权使用费等费用，并赔偿加盟商的相关损失。
信息披露影响
特许人在订立特许经营合同前，需要向被特许人披露相关信息。若特许人因未备案而与加盟商发生诉讼，将至少在五年内保留这一记录，这会影响特许人的声誉。
企业法律意识薄弱
部分企业管理人员的法律意识不强，缺乏事前防范法律风险的意识。法律对违法行为的惩罚力度不足，未能有效提高企业管理人员的法律意识。
备案操作难度
备案操作可能存在一定的难度，部分企业可能因为不了解备案流程或缺乏相关经验而未能顺利完成备案。
综上所述，特许经营企业不进行备案的主要原因包括行政处罚力度不足、合同有效性风险、信息披露影响、企业法律意识薄弱以及备案操作难度等多方面因素。为了降低法律风险、保护企业声誉并增强市场竞争力，特许经营企业应当按照《商业特许经营管理条例》的规定进行备案。