在留资格认定书（以下简称“认定书”）的发放流程如下：
申请途径
通过日本驻华使馆申请：申请人或邀请人（单位）需向日本驻华使馆提出申请，并提供相关材料。使馆接受申请后，将所有材料邮送至日本外务省，再转至法务省，最后由地方入境管理局向法务省报告审查结果，并由法务省决定是否准许该外国人赴日本。此途径所需时间较长，最快也需2至3个月。
委托在日本的亲友或单位代理申请：申请人可委托在日本的亲友或准备上学的学校或应聘去工作的单位，由他们出面代理，直接向地方入境管理局申请。经批准后，代理人或代理单位将认定书交申请人，再由申请人持证到日本驻华使馆办理签证。此途径所需时间较短，签成的希望较大。
提交申请
申请人或其代理人需向居住预定地或所属机关所在地的各地出入国在留管理机关提交在留资格认定证明书交付申请书。自2020年3月起，部分申请可线上办理，但必须事先向各地出入国在留管理机关提出使用申请。
审查与发放
出入境在留管理厅实施审查，审查通过后，入管厅向在日本的本人或代理人交付在留资格认定证明书。代理人将在留资格认定证明书寄送给申请人。然后，申请人需前往距离居住地最近的日本驻华大使馆，出示认定书，申请签证。最后，发行签证并入境日本。
其他注意事项
学校在收到入管局交付的认定书后，会先将认定书的扫描件和学费请求书发给申请人，之后申请人可以开始办理缴费。学校确认收到学费后，会将认定书原件及入学许可证邮寄给申请人。
申请在留资格认定证明书时，一般需提前5个月将所有材料递交。当认定书下发后，即可申请留学签证。审查程序包括对申请人是否获得入学许可、是否打算在日本留学生活等方面的审查。由于文件不完整，可能不会签发在留资格。
综上所述，在留资格认定书的发放流程包括申请、提交、审查和发放四个步骤，具体操作时可根据自身情况选择合适的申请途径，并提前准备好所有必需的材料。