工程合同的付款方式主要包括以下几种：
分期付款
按工程进度分期付款，完成一定工作任务后支付一定比例的工程款。
预付款
签订工程承包合同时预付部分款项，工程竣工验收后一次性支付全部工程款项。
实物或劳务代替折价工程款
分包合同中，总承包人将其承包的部分工程发包给其他承包人，并以实物或劳务代替折价工程款。
合同签订后付预付20%
承包商提供银行或有信誉的公司出具的保函，保函为见索即付保函，确保在违约情况下发包人能够及时收回预付款。
按月计量支付
实行旬末预支或月中预支，月终按工程师确认的当月完成的有效工程量进行结算，竣工后办理竣工结算。
阶段付款
双方约定按单项工程或单位工程的形象进度划分不同阶段进行结算，每阶段工程完工后再进行结算。
竣工后一次结算
项目规模较小、工期较短的工程，可以实行在施工过程中分几次预支，竣工后一次结算的方法。
分阶段按比例支付
根据工程的完成进度来支付款项，确保工程款随工程进度逐步到位。
预付款加阶段付款
在合同签订后先支付一部分预付款，并要求承包商提供保函作为担保，降低发包人的风险。
按月/界面/竣工后结算
按月或按单项工程或单位工程的形象进度进行结算，或采取竣工后一次结算的方式。
这些付款方式可以根据具体工程项目的特点和双方当事人的需求进行选择和调整。选择合适的付款方式有助于确保工程顺利进行，同时保障双方的利益。