卫生局管理的部门包括：
1. 人民医院、 中医院、 妇幼儿童医院、 乡镇卫生院等医疗机构。
2. 疾病控制中心，负责疾病预防控制工作。
3. 卫生监督局，负责卫生监督和执法工作。
4. 合作医疗管理办公室，负责管理新型农村合作医疗制度。
5. 食品药品监督局，负责食品和药品的监督管理工作。
此外，卫生局还下设办公室、医政科、健教所、爱卫会等职能部门，分管食品卫生、执业医师法的实施、医疗事故的处理等工作。
综上所述，卫生局负责管理医疗机构、疾病控制、卫生监督、合作医疗管理、食品药品监督等多个方面，以确保公共卫生和医疗卫生服务的质量和安全。