挂靠公司的资金流动通常涉及以下步骤和注意事项：
收到资金
当B公司（被挂靠公司）收到甲方单位的款项时，B公司需要开具发票给甲方单位，并做营业收入，同时计提应缴税费。
扣除费用
B公司在扣除应收挂靠费用、税金等后，将剩余款项走账给A公司（挂靠公司）。A公司需提供与走账金额等额的材料发票、人工费、经营费用等发票，注意发票抬头要开B公司。
会计处理
B公司收到款项时的会计分录为：借：银行存款。
资金管理
在挂靠经营过程中，资金管理往往比较复杂。虽然业务是由挂靠人实际操作，但对外的资金往来可能是通过被挂靠公司的账户进行的。这就导致了在被挂靠公司账户内可能存在着属于挂靠人的资金，例如挂靠人承接项目后，发包方将工程款支付到被挂靠公司账户。
风险控制
如果挂靠人汇入被挂靠公司账户的资金，能排除因被挂靠人债务导致的强制执行？答案是不能完全排除风险。一旦被挂靠公司涉诉，其账户被冻结，挂靠人的这部分资金便面临被强制执行的风险。
法律性质
最高人民法院在相关案例中明确了挂靠人对被挂靠公司账户内资金的权利性质，指出挂靠人的资金权益受限。
综上所述，挂靠公司的资金主要存在于被挂靠公司的账户中，但挂靠人需要确保资金的安全，因为一旦被挂靠公司账户被冻结，挂靠人的资金可能会面临被强制执行的风险。建议挂靠人在进行挂靠经营时，要明确资金的管理和使用方式，避免潜在的法律纠纷。