控告法院的部门有以下几种选择：
法院的纪检监察部门：
这是直接向法院内部负责监察工作的部门，可以处理涉及法院工作人员违纪、违法的问题。
法院的控告申诉部门：
该部门负责处理当事人的控告和申诉，包括对法院判决不服的情况。
上级法院的控告申诉部门：
如果认为本院的处理存在问题，可以向上级法院的控告申诉部门投诉。
纪委监察部门：
各级纪委监察部门负责对所有行使公权力的公职人员进行监察，可以处理涉及法院及其工作人员的职务违法和职务犯罪问题。
建议根据具体情况和投诉内容选择合适的部门进行投诉，以确保投诉得到及时有效的处理。